В организации Русской православной церкви в XVI в. было несколько важных новшеств, в основном вводившихся решениями Стоглавого собора 1551 г

Стоглавый собор – совещание в Москве в феврале 1551 г., в котором участвовали царь Иван Грозный, высшие церковные иерархи: митрополит Макарий, новгородский архиепископ Феодосий, ростовский и ярославский архиепископ Никандр, суздальский и старорусский епископ Трифон, смоленский и брянский епископ Гурий, рязанский и муромский епископ Касьян, тверской епископ Акакий, коломенский и каширский епископ Феодосий, сарский и подонский епископ Савва Черный, пермский и вологодский епископ Киприан, а также другие представители духовенства. Собор был посвящен решению важнейших вопросов церковной организации, которые нашли отражение в сборнике постановлений – "Стоглаве". В нем содержалось 37 вопросов, касающихся различных аспектов церковной жизни, а также – в виде ответа на них – 101 глава принятых решений (отсюда и название литературного и исторического памятника). Эта книга являлась главной в организации различных сторон Русской православной церкви вплоть до реформ патриарха Никона во второй половине XVII в.

"Стоглав" утвердил принцип невмешательства церкви в светские дела и неподсудность церкви светскому суду (гл. 60, 64–65). При этом светские (царство) и церковные (священничество) власти должны взаимодействовать для блага подданных (гл. 62). Теперь даже новую церковь мирянин не мог поставить (из соображений благочестия и благотворительности) без согласования с церковными владыками (гл. 84).

"Стоглав" касался в первую очередь вопросов упорядочивания и унификация отправления церковных служб. Для контроля над причтом предполагалось учредить должности специальных церковных старост (вопрос 1, гл. 6). Планировалось провести исправление церковных книг и богослужения по утвержденным образцам, унифицировать кресты на куполах церквей, упорядочить колокольный звон (гл. 7), унифицировать иконопись (гл. 41, вопросы 1, 7; гл. 43, 45). Предполагалось обучать священников грамоте (вопрос 6, гл. 25–26), контролировать строительство новых церквей и обителей (вопрос 19), повысить нравственность среди духовенства. Планировалось повысить нравственность среди мирян, в частности, запретить брить бороды и усы, носить одежду иностранного покроя (вопрос 25, гл. 40), запретить скоморошество.

Отдельно ставился вопрос об упорядочивании жизни в монастырях (вопросы 8, 17, 37, гл. 85). В гл. 82 был воспроизведен запрет собора 1503 г. на совместное проживание в одном монастыре мужчин и женщин, соответственно сохранялось деление монастырей на мужские и женские. Велась борьба с пьянством в обителях (гл. 83). Монастыри должны были заботиться о домах престарелых –богадельнях (вопросы 9, 12, гл. 70–74). Так же как посадское и крестьянское население, монахи прикреплялись только к своим монастырям (гл. 51 вводила запрет на свободный переход из обители в обитель). С помощью решений "Стоглава" предполагалось бороться с чрезмерными поборами, денежными взиманиями и взятками в церкви, в корыстном церковном суде (вопросы 2, 4, 7, гл. 41, 44, 47, 53–54, 66–69, 86–89, 98). Власти пытались регулировать монастырскую собственность (вопрос 15, гл. 75; в гл. 101 содержится запрет на покупку монастырями вотчин без санкции царя), проблемы финансирования церквей и монастырей (вопросы 30 и 31, гл. 30, 61, 63, 97), вводили запрет на церковное ростовщичество (гл. 76).

Большое внимание "Стоглав" уделял борьбе с пережитками язычества (вопрос 11, гл. 41; вопросы 2–3, 22–27, гл. 92–93). Судя по количеству статей, язычество в XVI в. еще продолжало иметь широкое распространение в народной культуре.

Кроме решений Стоглавого собора в середине XVI в. необходимо отметить несколько других крупных преобразований в Русской православной церкви.

Так, целью новгородского архиепископа Макария было собрать воедино все жития святых и дидактические тексты. В 1541 г. был закончен грандиозный 12-томный труд в его первоначальной новгородской редакции (позже в Москве, когда Макарий станет митрополитом, работа будет продолжена). Свод получил название "Великие Минеи Четии". В 1547, 1549 гг. митрополит Макарий проводит церковные соборы, где принимаются важнейшие решения по церковным вопросам, в частности, осуществляется масштабная канонизация святых.

"В 1547 г. состоялся в Москве Собор, на котором под председательством митрополита Макария находилось семь святителей, кроме прочего духовенства: Алексий Ростовский, Иона Суздальский, Иона Рязанский, Акакий Тверской, Феодосий Коломенский, Савва Сарский и Киприан Пермский. На этом Соборе после предварительных исследований и рассуждений, определено было двенадцати святым “петь и праздновать повсюду” в Русской Церкви, а девяти – только местно. Первого рода праздники учреждены: а) святому Иоанну, архиепископу Новгородскому (f 1186), – 7 сентября; б) святому Александру Невскому (t 1263) – 23 ноября; в) преподобному Никону, игумену Радонежскому (f 1426), – 17 ноября; г) преподобному Павлу Обнорскому (f 1429) – 10 января; д) преподобному Савватию Соловецкому (t 1435) – 27 сентября; е) преподобному Дионисию Глушицкому (f 1437) – 1 июня; ж) преподобному Михаилу Клопскому (f 1452) – 11 января; з) святому Ионе, митрополиту Московскому (t 1461), – 30 марта; и) преподобному Пафнутию Боровскому (f 1477) – 1 мая; й) преподобному Зосиме Соловецкому (f 1478) – 17 апреля; к) преподобному Макарию Колязинскому (t 1483) – 17 марта; л) преподобному Александру Свирскому (f 1533) – 1 августа. Местно праздновать положено: а) в Москве – святому Максиму юродивому (f 1433) – 13 августа; б) в Твери – святому Арсению, епископу Тверскому (f 1409), – 2 марта; в) в Муроме – святому князю Константину (t 1129) и чадам его Михаилу и Феодору – 21 мая; г) в Муроме же – святому князю Петру и княгине Февронии Муромским (f 1228) – 25 июня; д) в Устюге – преподобному Прокопию (f 1285) и Иоанну (t 1494) Устюжским – 8 июля".

На соборе 1549 г. была произведена канонизация новых святых (их список реконструирован историком русской церкви E. Е. Голубинским). Из них 12 местночтимых (Стефан Пермский, Михаил Тверской, Авраамий Смоленский и др.) и четверо новопоставлснных (Иона Новгородский, Евфросин Псковский и др.). Начиная с этого времени канонизация святых на Руси становится прерогативой центральной церковной власти.

Благодаря "Стоглаву" и деятельности церковных иерархов во второй половине XVI в. были предприняты масштабные меры по унификации церковной жизни, отлажена система взаимодействия светских и церковных властей, наведен порядок в вопросах финансирования церковных структур. Были достигнуты значительные результаты в деле укрепления духовности, морали, благочестия повседневной жизни. Недаром об эпохе митрополита Макария (1542–1563) иногда говорят как о продолжении или о новом этапе христианизации Руси.