Конструирование с помощью белка

Насколько далека от нас такая способность? Некоторые шаги уже сделаны, но остаётся ещё много работы. Биохимики уже нанесли на карту структуры многих белков. С помощью механизмов гена, дающих возможность записывать ленты ДНК, они могут направить клетки на строительство любого белка, они могут разработать цепи, которые будут сворачиваться в белки нужной формы и с требуемыми функциями. Силы, которые сворачивают белки, слабы, а число возможных способов, которыми белок может свернуться - астрономическое, поэтому разработать большие белки с самого начала непросто.

Силы, которые удерживают белки вместе, чтобы образовать сложные машины, - те же самые, которые вначале сворачивают цепи белков. Отличающиеся формы и виды прилипания аминокислот - бугорчатые молекулярные "бусинки", формирующие цепи белков, - заставляют каждую цепь белка сворачиваться особым образом и образовывать объект определённой формы. Биохимики изучили правила, которые дают понятие о том, как цепочка аминокислот может сворачиваться, но эти правила не очень твёрдые. Попытка предсказать, как цепь будет сворачиваться, подобна попытке разгадать кроссворд, но кроссворд без пропечатанной формы, которая бы позволяла определить, правилен ли ответ, и с частями, которые могут соответствовать друг другу почти так же хорошо (или плохо) многими различными способами, но все кроме одного из них - неправильные. Неправильное начало может занять большую часть времени жизни, а правильный ответ так и не будет распознан. Биохимики, используя лучшие компьютерные программы, имеющиеся на сегодняшний день, всё же не могут предсказывать, как длинный естественный белок будет на самом деле сворачиваться, и некоторые из них уже отчаялись научиться разрабатывать молекулы белка в ближайшем будущем.

Однако большинство биохимиков работают как ученые, а не как инженеры. Они работают над возможностью предсказывать, как будут сворачиваться естественные белки, а не над проектированием белков, которые будут предсказуемо сворачиваться. Эти задачи могут выглядеть подобными, но они очень отличаются: первая - задача научная, вторая - конструкторская. Почему естественные белки сворачиваются таким образом, который учёные находят лёгким для предсказания? Всё, что природа требует, - это чтобы они на самом деле сворачивались правильно, а не чтобы они сворачивались способом, очевидным для людей.

Можно было бы разрабатывать белки с нуля, с тем чтобы сделать их сворачивание более предсказуемым. Карл Пабо, пишущий в журнале Природа, предложил стратегию разработки, основанную на понимании этого, и некоторые биохимические инженеры разработали и построили короткие цепи из нескольких десятков кусочков, которые сворачивались и прилипали к поверхности других молекул так, как планировалось. Они разработали с нуля белок со свойствами мелиттина - токсина пчелиного яда. Они модифицировали существующие ферменты, изменяя их поведение предсказуемым образом. Наше понимание белков растёт с каждым днём.

В 1959, согласно биологу Гарретту Хардину, некоторые генетики назвали генную инженерию невозможной; сегодня это индустрия. Биохимия и автоматизированное проектирование сейчас - бурно развивающиеся области, и как писал Фредерик Блаттнер в журнале Science, "программы по игре в шахматы уже достигли уровня примерно мастера международного класса. Возможно, решение проблемы свёртывания белков ближе, чем мы думаем". Вильям Растеттер из Genentech пишет в "Прикладную биохимию и биотехнологию" и спрашивает: "Как далеко от нас отстоит разработка и синтез ферментов с нуля? Десять, пятнадцать лет?" Он отвечает: "Может быть, даже быстрее".

Форрест Картер из Военно-морской научно-исследовательской лаборатории США, Ари Авирам и Филипп Сеиден из IBM, Кевин Улмер из корпорации Genex, а также другие исследователи университетских и промышленных лабораторий по всему земному шару уже начали теоретическую работу и эксперименты, ставящие целью разработку молекулярных переключателей, устройств памяти и других структур, которые могли бы быть встроены в компьютер, основанный на белках. Американская Военно-морская научно-исследовательская лаборатория США провела два международных семинара по молекулярным электронным устройствам, а заседание, спонсируемое Национальным обществом науки США, рекомендовало поддержку фундаментальных исследований, нацеленных на разработку молекулярных компьютеров. Япония, по сообщениям, начала программу на много миллионов долларов, имеющую цель разработку самособирающихся молекулярных двигателей и компьютеров, а корпорация VLSI Research Inc. Сана Джоуза, сообщила, что "Похоже, что погоня за биочипами [ещё один термин для молекулярных электронных систем] уже началась. NEC, Hitachi, Toshiba, Matsushita, Fujitsu, Sanyo-Denki и Sharp уже предприняли полномасштабные исследовательские усилия по биочипам для биокомпьютеров."

Биохимики имеют другие причины хотеть освоить искусство проектирования белка. Новые ферменты обещают выполнять грязные и дорогие химические процессы более дешево и чисто, а новые белки предложат целый спектр новых инструментов для биотехнологов. Мы уже на пути к разработке белков, а Кевин Алмер замечает в цитате из Science, с которой начинается эта глава, что эта дорога ведёт "к более общей возможности для молекулярного инжиниринга, который бы позволил нам структурировать материю атом за атомом".